Действие игры разворачивается в недалеком будущем, а именно в 2012 году. Наш протеже – Дезмонд Майлз (Desmond Miles) был похищен неизвестными людьми, и заключен в секретную лабораторию компании Abstergo Industries, работающую над проектом Анимус (Animus). Благодаря новейшей разработке, герою предстоит погрузиться в глубины своей памяти, и пережить особо яркие моменты из жизни своего далекого предка Альтаира (Altaïr) – средневекового убийцы ордена Ассассинов (Assassins). Кто похитил Дезмонда? В чем цель экспериментов? Всё это мы узнаём по ходу игры.